Not all colonial schools in Malaysia are mission schools. Some were opened by the British government. Here is a list of Malaysian schools that were NOT founded by missionaries:
1) Sekolah Menengah Kebangsaan Derma
Kedah
1) Kolej Sultan Abdul Hamid
Perak
1) Sekolah Menengah Kebangsaan Clifford Kuala Kangsar
2) Sekolah Menengah Kebangsaan King Edward VII
3) Sekolah Menengah Kebangsaan Anderson
Pahang
1) Sekolah Menengah Kebangsaan Clifford Kuala Lipis
Selangor
1) Sekolah Menengah Tinggi Kuala Selangor
2) Sekolah Menengah Kebangsaan Tinggi Kajang
3) Sekolah Menengah Kebangsaan Tinggi Klang
Melaka
1) Sekolah Tinggi Perempuan Melaka
Negeri Sembilan
1) Sekolah Menengah Kebangsaan King George V
2) Sekolah Menengah Kebangsaan Tinggi Port Dickson
Federal Territory
1) Sekolah Menengah Kebangsaan Maxwell
2) Sekolah Menengah Kebangsaan Victoria
3) Sekolah Menengah Kebangsaan Tinggi Setapak
Johor
1) Maktab Sultan Abu Bakar
2) Sekolah Tinggi Kluang
3) Sekolah Tinggi Muar
Sabah
1) Sekolah Menengah Maktab Sabah
Sarawak
1) Sekolah Menengah Kebangsaan Green Road
2) Sekolah Menengah Kebangsaan Three Rivers
3) Sekolah Menengah Kebangsaan Tinggi Kuching
4) Sekolah Menengah Kebangsaan Tinggi Sarikei
